Εκτεταμένη σύγχυση, παρανόηση και αβεβαιότητα σχετικά με τη συνέχιση της λειτουργίας τους και τη δυνατότητα διατήρησης της πρόσβασής τους σε όσους έχουν ανάγκη, αισθάνονται δεκάδες ΜΚΟ που δραστηριοποιούνται στην Ελλάδα στο πεδίο του μεταναστευτικού και προσφυγικού. Αιτία η υπερβολικά περίπλοκη διαδικασία εγγραφής τους στο μητρώο του υπουργείου Μετανάστευσης και Ασύλου και η εκ των πραγμάτων αδυναμία ορισμένων να συμμορφωθούν με όλες τις απαιτήσεις της ισχύουσας ΚΥΑ. Την ίδια στιγμή το Συμβούλιο Εμπειρογνωμόνων για τη Νομοθεσία των ΜΚΟ του Συμβουλίου της Ευρώπης προειδοποιεί για την πιθανότητα αυθαίρετων απορρίψεων αιτήσεων εγγραφής και πιστοποίησης φορέων και μελών λόγω αόριστων, εξαιρετικά επιλεκτικών και ανοικτών κριτηρίων, από υπεύθυνους λήψης αποφάσεων οι οποίοι στερούνται ανεξαρτησίας από την κυβέρνηση